Ancora vivi nella memoria della gente garganica sono gli eccidi perpetrati dai Turchi, prima a Vieste nel 1554 e poi a Manfredonia nel 1620.
A Vieste perirono più di 5000 abitanti, molti dei quali decapitati su quella che viene chiamata da allora la “chianca amara”.
Manfredonia invece venne occupata ed incendiata.
Tutto ciò a causa della politica antimusulmana del re Ferdinando il Cattolico, il quale, verso le terre pugliesi, adottò una politica bigotta e fanatica, chiusa ad ogni rinnovamento commerciale ed economico.
Sono di questo periodo le numerosi torri di difesa, sorte lungo le coste garganiche e del Tavoliere.
Né vanno meglio le cose all’interno, dove le campagne sono attraversate da frequenti fenomeni di brigantaggio e taglieggiamento.
Con i Borboni si ha una maggiore attenzione ai bisogni reali dei centri urbani, con una politica tendente a frenare gli abusi feudali e i privilegi ecclesiastici.
Infatti nel decennio 1806-1815, con i francesi, si ha il fenomeno dell’eversione della feudalità, il frazionamento del Tavoliere con la conseguente censurazione, l’abolizione della Dogana e la revisione dei catasti.
Di conseguenza le terre furono sottratte al pascolo e al bosco, quindi dissodate e poste a cultura.
Infine si riuscì a predisporre un organico piano per la bonifica delle zone paludose, come quelle sipontine.
Tuttavia i risultati di questa politica di rinnovamento, furono minori rispetto alle attese e ai proponimenti, in quanto essa trovò accanita resistenza da parte dei nobili locali, dei latifondisti e del clero.
Inoltre creò le basi per il progressivo depauperamento del ricco patrimonio boschivo e forestale del Gargano, il quale, da questo momento, si vide spogliato dei suoi secolari boschi.

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