In seguito, con gli Angioini e gli Aragonesi, la Puglia perderà inesorabilmente i caratteri della propria individualità culturale, per dare posto a nuove culture preferibilmente straniere, fra cui spicca in primo piano, l’arte gotica d’oltr’alpe.
Inoltre si avrà un progressivo infeudamento, iniziato per la verità già in età sveva, tanto da dare origine ad una massiccia riorganizzazione delle masserie cerealicole e delle aziende zootecniche.
Tale processo di ruralizzazione diventerà in seguito un elemento caratterizzante dell’intero sviluppo economico e sociale dell’Italia meridionale e subordinerà ad esso qualsiasi iniziativa tendente verso una sua possibile industrializzazione.
L’istituzione, poi, della Dogana delle pecore, ad opera del re Perdonando I d’Aragona, determinerà il completo abbandono delle terre dell’intera Capitanata, che si vide privare di un sì ricco patrimonio economico, usato ormai solo come terra di pascolo e di transito per le greggi provenienti da Molise e dagli Abruzzi.
Tale istituzione finirà poi per modificare radicalmente il volto del Tavoliere che assunse marcate caratteristiche pastorali.
Anzi tutto ciò produsse, fra il XIV e il XV secolo, la scomparsa di numerosi villaggi rurali e il fenomeno ancora oggi presente, dell’accentramento della popolazione urbana.
Così il territorio andò segnandosi di una fittissima rete di tratturi, destinati al transito del bestiame.
Il Gargano e con esso l’intera Daunia, ne è marcatamente segnato, con presenza di poste, di masserie da campo e da pecore, nonché con i famosi e caratteristici recinti detti “jazzi”.
Durante il periodo aragonese si hanno in Puglia vari tentativi di restaurazione angioina e rivolte baronali.
Ferdinando I, per pacificare la regione, concede in feudo il Gargano al principe albanese Giorgio Castriota Iskander (lo Skanderbeg), mentre le città costiere incominciavano ad essere insediate dai Turchi.

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