La guerra greco-gotica (535-553) apporterà, infatti, rovine e distruzioni nei centri dauni, depauperando ulteriormente la già fragile economia del territorio.
In questa situazione di crisi e di evidente perdita di autorità dell’amministrazione romana si affermerà il Cristianesimo, le cui origini trovano nella Daunia, già prima della seconda metà del IV secolo e precisamente a Salapia, Sipontum, Luceria, Herdonia, Carmeianum e Aecae.
Questi centri, ancor prima del VI secolo, erano già sedi di diocesi, rette da vescovi ormai diventati gli artefici della rinascita spirituale e civile delle città romane.
Uno di questi fu senz’altro Lorenzo Maiorano, vescovo di Siponto, dal quale partirà quel grande movimento spirituale che porterà alla fondazione del santuario di San Michele sul Gargano e consequenzialmente allo sviluppo del pellegrinaggio micaelico.
Esso favorirà, in modo determinante, il diffondersi del Cristianesimo, prima lungo le coste garganiche e poi all’interno.
A testimoniare il rapido diffondersi della nuova religione sono i numerosi complessi paleocristiani sparsi un po’ dovunque in territorio di Siponto (Santa Maria Regina, Minonno, Scoppa, Capparelli), di Monte Sant’Angelo (San Venanzio, Coppa Alture, Bucecchia, Jumitite, Valle Tana), di Mattinata (Coppa del Principe, San Salvatore, Santa Tecla, La Sperlonga), di Vieste (Salatella, Grotta Spagnola, Pontanello, Menelite), di Peschici (Monte Stregone, Grotta dei Banditi presso Manacore, Sfinale, Grovatico, Sfinalicchio), di Ischitella (Niunzi, Parco della Chiosa, Grotta dei Pagani), di Cagnano Varano (Bagni) e di Vico del Gargano (Monte Pucci).
Con il culto di San Michele e lo sviluppo del pellegrinaggio, il Gargano entra nella storia della civiltà medievale occidentale, con tutto il suo patrimonio religioso e anche culturale.
Infatti il pellegrinaggio che si sviluppò intorno al Santuario e al culto di San Michele, determinerà nel VII secolo, la conversione dei Longobardi al Cristianesimo, tanto che l’Arcangelo Michele diventerà il loro santo protettore e sarò effigiato sia sulle loro armature sia sulle monete.
Il secolo VIII registrerà la massima espansione dei Longobardi in Puglia e anche la massima penetrazione culturale.
Espressione di questo connubio fra la cultura longobarda e la civiltà romana oggi è forse l’antica chiesa longobarda altomedievale sorta all’ingresso della grotta di San Michele, forse unico esempio di architettura longobarda in terra meridionale.

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